Alla fine del 1918 i dirigenti dell'University College Hospital decidono di obbligare i propri dipendenti a lavorare a  tempo pieno in ospedale e Bach, che preferisce conservare la sua libertà, si licenzia.
Egli non ama le imposizioni e gli orari rigidi di lavoro, decide quindi di aprire un proprio laboratorio a Nottingham Place.
Dopo qualche mese presenta domanda per un posto di patologo e batteriologo presso il London Homeopathic Hospital, e nel marzo del 1919 inizia il suo nuovo lavoro .

Qui avviene il suo incontro con le idee di Samuel Hahnemann, il fondatore dell'omeopatia, l'altra grande branca della medicina che si contrappone alla allopatia per una diversa concezione sia della malattia che dell'uso dei farmaci.
Bach legge con entusiasmo tutto ciò che trova sull'omeopatia e si trova in sintonia con quanto affermato da Hahnemann, con la sua considerazione dello squilibrio intestinale, con il considerare al centro il paziente e non la malattia, con l'uso di preparati biologici ricavati dal paziente, come già Bach stava facendo, con l'uso di piante ed erbe per curare le diverse patologie.
Inizia a preparare i propri vaccini in maniera omeopatica e a somministrarli per via orale: nascono così i cosiddetti "nosodi di Bach", divisi in sette gruppi in base alla loro azione di fermentazione dello zucchero.
Di ogni paziente viene controllato quale tipo di batteri intestinali  predomina e gli viene prescritto il nosode corrispondente.
Centinaia di pazienti vengono trattati in questo modo con ottimi risultati e l'uso dei nosodi di Bach si diffonde non solo in Inghilterra ma anche in Germania ed in America.
Bach ha l'intuizione di cercare le similitudini tra le persone che hanno lo stesso tipo di batteri intestinali, e si accorge che riesce a prevedere quale sarà il nosode giusto in base agli stati d'animo del paziente, consentendogli di risparmiare esami clinici lunghi e costosi .

Nel 1922 lascia l'ospedale omeopatico, apre un laboratorio a Crescent Park,  trasforma quello di Nottingham Place in un consultorio per bisognosi, e continua anche a ricevere pazienti nello studio di Harley Street.
Collabora con diversi omeopati ad alcune pubblicazioni, tra cui : "Malattie croniche. Un'ipotesi di lavoro", "Relazioni tra vaccinazione ed omeopatia", "Tossiemia e suoi rapporti con la comparsa di tumori", "La riscoperta della psora".
Tutto questo ci dà un'idea della mole di lavoro che Bach porta avanti in questo periodo, aiutato dai suoi collaboratori ma sempre presente ed attivo sia di giorno che di notte; studia anche la dietetica e consiglia diete a base di alimenti crudi, frutta, noci, cereali e verdure.

Nel 1924 presenta ad un congresso di omeopatia gli effetti della combinazione tra dieta e e nosodi, affermando che il beneficio ottenuto è da ricercarsi nel miglioramento globale dell'individuo e non in una azione locale.
In Bach nasce l'idea di sostituire i nosodi con le piante, perché afferma : "la gente è sempre riluttante a usare delle sostanze associate con la malattia nella cura delle condizioni patologiche".
Iniziano i suoi esperimenti con le piante, ma si trova di fronte ad una minore efficacia e a problemi di preparazione.
Nel 1928 Bach ha un'intuizione che cambierà il corso delle sue ricerche: ad una festa, osservando le persone presenti, si rende conto che si sarebbero potute raggruppare in diverse categorie in base al loro comportamento.
Riflettendo sul collegamento tra le malattie ed i gruppi di personalità comprende che non sarà il tipo di patologia ad accomunarli, ma la loro reazione alla malattia.
Inizia quindi a prescrivere i rimedi in base alle caratteristiche comportamentali e alle abitudini del paziente.
Individua una lista di 12 stati d'animo :

• paura

• terrore

• inquietudine, ansia o tortura mentale

• indecisione

• indifferenza o noia estrema

• dubbio o scoraggiamento

• preoccupazione estrema

• debolezza

• sfiducia in sé

• impazienza

• entusiasmo estremo

• orgoglio o tendenza a tenersi in disparte

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